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Existen pocos informes relativos a los casos de botulismo del recién nacido. Se trata de una forma especial de botulismo que puede afectar a los bebés menores de un año, sobre todo durante los primeros seis meses. Contrariamente al botulismo clásico, en que toxinas ya formadas del bacilo botulínico (Clostridium botulinum) pueden ser ingeridas con los alimentos, el intestino está colonizado por el Clostridium botulinum, que se multiplica y desarrolla toxinas. La unión de las toxinas con las terminaciones nerviosas periféricas impide la liberación de acetilcolina y, por tanto, la transmisión de los impulsos nerviosos. Esto puede provocar parálisis musculares, en especial, una parálisis respiratoria mortal. Se cree que algunos casos de muerte súbita del recién nacido son consecuencia de ello. En los niños de más edad, el botulismo del recién nacido no puede desarrollarse. Se supone que la flora intestinal estable, que ya ha colonizado el intestino, impide su desarrollo. Los autores previenen contra la administración de miel a los niños pequeños, porque la miel, en especial en Estados Unidos, es un vector conocido de transmisión del Clostridium (aparte del polvo y la suciedad). Aunque la miel tenga propiedades microbicidas, puede contener diversos agentes que favorezcan la formación de esporas. Si bien es cierto que un estudio realizado en Alemania sobre la contaminación de la miel ha dado resultados negativos, está totalmente desaconsejado administrarla a niños pequeños (por ej. aplicación de miel en las areolas mamarias y las tetinas para lograr que el bebé supere la inhibición de la tetada, o bien en el té, como en el caso descrito en el artículo citado). Este no es el caso de la miel ya incorporada a los alimentos dispuestos para el consumo, porque el Clostridium se destruye al calentarlo a una cierta temperatura. Hay que observar que esta advertencia no cuestiona el valor de la miel para los demás grupos de edades.