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La atovacuona es un antiprotozoario indicado para el tratamiento agudo de la neumonía de carácter leve o moderado producida por Pneumocystis carinii en pacientes intolerantes al tratamiento con cotrimoxazol. El Pneumocystis carinii es un protozoo parásito unicelular con características cercanas a los hongos, presentándose bajo dos formas. Por un lado existen las formas quísticas (redondeadas o elípticas, su tamaño oscila entre 4-6 mm y se asemejan a los glóbulos rojos. Cada una de estas formas contienen hasta ocho pequeñas formaciones llamadas esporozoitos de forma ovalada y con núcleo excéntrico. Por otro lado las formas de trofozoito son más pequeñas (1-4 mm) que las formas quísticas. La posología recomendada es 750 mg cada 12 horas El tratamiento para la pneumonía por Pneumocystis disponible actualmente es sulfametoxazol-trimetropim (oral y endovenoso), pentamidina (aerosol o endovenoso), dapsona, clindamicina y trimetrexato. La duración del tratamiento de las formas agudas oscila entre 14 y 21 días en función de los pacientes, vías de administración y principios activos utilizados. El tratamiento de primera elección es sulfametoxazol/trimetropim pero tiene una alta incidencia de efectos adversos como son las náuseas y vómitos que se previenen con el uso de antieméticos como la metoclopramida. Tanto sulfametoxazol/trimetropim como pentamidina presentan una eficacia muy parecida. Los estudios comparativos entre sulfametoxazol/trimetropim y atovacuona han mostrado que la primera muestra una mayor eficacia clínica pero con atovacuona hay un menor índice de efectos adversos.