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Las consecuencias de la falta de cumplimiento son el retraso de la recuperación de enfermedades agudas y la progresión en enfermedades crónicas que conllevan la necesidad de terapias más agresivas, que pueden incrementar el riesgo de yatrogenia. La medida del cumplimiento es un aspecto importante para medir la calidad de la asistencia sanitaria. No existe un método ideal de medida de cumplimiento, pero existen distintos sistemas para su estimación: análisis biológicos (medidas de concentraciones plasmáticas), contaje de unidades, encuestas al paciente y nuevas tecnologías como dispensadores electrónicos o fichas centralizadas de prescripción y dispensación. Existe controversia sobre el nivel de fiabilidad de los distintos métodos. El contaje de unidades da un resultado inferior de cumplimiento que otros métodos. Parece que la infraestimación se debe a la fecha de referencia de dispensación, que no coincide con el día de inicio de la toma, sino que el paciente adquiere el medicamento unos días antes. Este mismo efecto produce sobreestimación del cumplimiento si el método usado se basa en la fecha de dispensación. Otra fuente de error está relacionada con la dificultad de medir cuando se trata de formulaciones tópicas, líquidas, óticas, oftálmicas o cuando la prescripción no es fija, sino ""cuando precise"". Otra limitación en los estudios de cumplimiento son los distintos resultados obtenidos con distintos tiempos de seguimiento. Con los datos existentes actualmente los métodos más recomendables para valorar el cumplimiento son las entrevistas a los pacientes y el seguimiento de la dispensación.
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